很多人容易将这两类软件混为一谈，这与国内软件市场的引导有关。几个起步较早的软件均将这两个功能合并在一个软件中。

这两类软件虽然都是数据处理软件，但有着本质的区别：进销存着重管理货物、而财务软件着重管理资金。

进销存软件记录货品的明细，数据量大，以反映货品及时情况为主要目的。进销存软件的使用对象不仅仅包括会计，更多的是包括了仓库人员、销售人员等很多实际操作业务的人；而财务软件则仅仅为专业会计所用。

在中小企业，尤其是私营中小企业，除了向国家财税部门定期交报表外，根本不需要专业会计。

随着软件行业的成熟、电脑普及运用水平的提高、国家财税部门对中小企业会计要求的规范与宽松，三个因素决定了进销存软件越来越不需要与财务软件合并在一起。